Nuestros proyectos de investigación se centran principalmente en la monitorización de las diferentes poblaciones de cetáceos que habitan en el Estrecho de Gibraltar, y las amenazas a las que estas se enfrentan, como el tráfico marítimo o la contaminación marina. Asociación Nereide desarrolla proyectos en colaboración con universidades y otras entidades nacionales e internacionales y también coordina proyectos de ciencia ciudadana de seguimiento de la fauna local.